1. 国家自然科学基金重大项目（81991520），海洋药源分子的发现及形成机制，2020/01-2024/12，1800万，主持。
2. 国家重点研发计划中医药现代化研究重点专项（2018YFC1706200），常用中药活性成分的合成生物学研究，2018.12-2021.12，1760万，主持。
3. 国家自然科学基金重点项目（81530089），真菌酚胺耦合产生的新先导化合物发现，2016.01/-2020/12，274万，主持。
4. 国家自然科学基金委创新研究群体科学基金（81421091、81121062、30821006），天然药源分子及其新作用特点，2009-2017连续3轮滚动资助，1750万，主持。
5. 国家自然科学基金重点项目（21132004），特境及不可培养微生物产生的新活性物质研究，2012/01-2016/12，300万，主持。
6. 国家科技重大专项“重大新药创制”（2009ZX09501-013），微生物活性产物分离及分析关键技术，2009/01-2011/12，743万，主持。
7. 国家863计划目标导向项目（2007AA09Z446），海洋共生菌活性物质的高效利用，2007/08-2010/12，363万，主持。
8. 国家自然科学杰出青年基金项目（39725033），药用蒿及其内生菌生物活性物质的研究，1998/01-2000/12，60万，主持。
