南京中医药大学药用植物园由70余亩主体园、1000平方米的玻璃温室和素山近200亩的山体三部分组成，保存药用植物约1000余种。主体园总体分为东西两部分，东侧以药用植物为主，分为江苏省地道地产区，自然分类系统区，经方验方区，水生中药区，中药种质资源引种驯化区，教学实验区，科研科创区；西侧以成片草皮和格桑花为主。园区的建设以引种华东地区适宜生长的药用植物为主，同时兼顾常用中药和部分珍稀濒危物种的引种栽培，如茅苍术、白及、太子参、吴茱萸、山茱萸、浙贝母、延胡索、白术、丹参、牡丹、芍药、玄参、白芷、杭白菊、温郁金、泽泻、金银花、酸枣仁、黄芩、七叶一枝花、铁皮石斛、金钗石斛等。
玻璃温室内以培育药用植物盆栽为主，为育苗、制种、野生苗中转的重要场所，为喜热药用植物的保存场所，用于室内药用植物的教学科研活动。温室内有育苗池、药用植物盆栽区、水生植物种植池、观赏花卉植物区、沙生植物区、保温大棚等。
素山为自然植被，分布有野生药用植物200余种，在保护原有生态环境的前提下，结合就地抚育和迁地保护的方式建立科研教学用重点药用植物及珍稀濒危物种的保护地块。分为重点保护区和普通引种区，重点保护区位于素山东北侧山麓缓坡地带，该地块倚南朝北，东西两侧为下延的山脊，小气候阴凉湿润，土层较深，腐殖质丰富，分布有茅苍术、柴胡、桔梗、白头翁、夏枯草、白藓、明党参、紫背天葵、杜蘅、玉竹、半夏、贯众、凤尾蕨、络石等喜阴及耐荫植物，为校园内阴性植物与耐阴植物生长最适宜的生态区域。
南京中医药大学药用植物园已成为集教学、科研、对外交流、中医药文化与科普宣传为一体综合植物园，现为江苏省及南京市科普示范教育基地，全国第四次中药资源普查及国家基本药物所需中药材种质资源保存基地，国家“双一流”建设高校南京中医药大学的教学与科研基地。
