1. 国家自然科学基金面上项目（81573635），脑肠轴迷走传入通路调控海马小胶质细胞表型转化及黄连解毒汤干预研究，项目时间（2016/01-2019/12），主持，57万，结题。

2. 国家自然科学基金面上项目（81873027），鞘脂代谢重编程驱动小胶质细胞极化及黄连解毒汤干预研究，项目时间（2019/01-2022/12），主持，57万，结题。

3. 江苏高校“青蓝工程”中青年学术带头人项目，项目时间（2018/06-2021/06），主持，10万，结题。

4. 江苏省中药药效与安全评价重点实验室开放课题，基于肠道菌硫代谢物的小檗碱调控小胶质细胞表型的迷走通路研究，项目时间（2018/07-2020/06），主持，5万，结题。

5. 省部共建组分中药国家重点实验室开放课题，基于小胶质细胞 NLRP3 炎症小体通路的黄连解毒汤改善 COVID-19 致认知障碍的物质基础和作用机制研究，项目时间（2023/10-2025/02），主持，10万，结题。

1. 国家自然科学基金面上项目（81573635），脑肠轴迷走传入通路调控海马小胶质细胞表型转化及黄连解毒汤干预研究，项目时间（2016/01-2019/12），主持，57万，结题。

2. 国家自然科学基金面上项目（81873027），鞘脂代谢重编程驱动小胶质细胞极化及黄连解毒汤干预研究，项目时间（2019/01-2022/12），主持，57万，结题。

3. 江苏高校“青蓝工程”中青年学术带头人项目，项目时间（2018/06-2021/06），主持，10万，结题。

4. 江苏省中药药效与安全评价重点实验室开放课题，基于肠道菌硫代谢物的小檗碱调控小胶质细胞表型的迷走通路研究，项目时间（2018/07-2020/06），主持，5万，结题。

5. 省部共建组分中药国家重点实验室开放课题，基于小胶质细胞 NLRP3 炎症小体通路的黄连解毒汤改善 COVID-19 致认知障碍的物质基础和作用机制研究，项目时间（2023/10-2025/02），主持，10万，结题。

1. Ge P, Guo S, Wang P, Zhou P, Tang Z, Yang N, Guo R, Xiao Q, Chai X, Zhang Q, Zhu H. Berbamine targets the FKBP12-rapamycin-binding (FRB) domain of the mTOR complex to promote microglial autophagy and ameliorate neuroinflammation in Alzheimer's disease. Phytomedicine. 2025 Jul;142:156771. doi: 10.1016/j.phymed. 2025.156771. Epub 2025 Apr 16. PMID: 40279970.

2. Wang N, Wei X, Zhou P, Wu W, Liu J, Zhu H, Tang Z, Chai X, Yang N, Zhang Q, Dong Y, Guo R, Zhang Q. Palmatine mitigates ischemic brain injury by regulating microglial polarization and sphingolipid metabolism. Int Immunopharmacol. 2025 Nov 14;165:115444. doi: 10.1016/j.intimp.2025.115444. Epub 2025 Sep 4. PMID: 40911989

3. Qi Y, Zhao X, Wu W, Wang N, Ge P, Guo S, Lei S, Zhou P, Zhao L, Tang Z, Duan J, Yang N, Guo R, Dong Y, Chai X, Zhang Q, Snijders AM, Zhu H. Coptisine improves LPS-induced anxiety-like behaviors by regulating the Warburg effect in microglia via PKM2. Biomed Pharmacother. 2025 Feb;183:117837. doi: 10.1016/j.biopha.2025.117837. Epub 2025 Jan 16. PMID: 39823725.

4. Zhao X, Ge P, Lei S, Guo S, Zhou P, Zhao L, Qi Y, Wei X, Wu W, Wang N, Guo R, Yang N, Xiao Q, Zhang Q, Zhu H. An Exosome-Based Therapeutic Strategy Targeting Neuroinflammation in Alzheimer's Disease with Berberine and Palmatine. Drug Des Devel Ther. 2023 Aug 17;17:2401-2420. doi: 10.2147/DDDT.S417465. PMID: 37609432; PMCID: PMC10441573.

5. Ge PY, Qu SY, Ni SJ, Yao ZY, Qi YY, Zhao X, Guo R, Yang NY, Zhang QC, Zhu HX. Berberine ameliorates depression-like behavior in CUMS mice by activating TPH1 and inhibiting IDO1-associated with tryptophan metabolism. Phytother Res. 2023 Jan;37(1):342-357. doi: 10.1002/ptr.7616. Epub 2022 Sep 11. PMID: 36089660.

6. Qi YY, Heng X, Yao ZY, Qu SY, Ge PY, Zhao X, Ni SJ, Guo R, Yang NY, Zhang QC, Zhu HX. Involvement of Huanglian Jiedu Decoction on Microglia with Abnormal Sphingolipid Metabolism in Alzheimer's Disease. Drug Des Devel Ther. 2022 Mar 30;16:931-950. doi: 10.2147/DDDT.S357061. PMID: 35391788; PMCID: PMC8979960.

7. Qi Y, Ni S, Heng X, Qu S, Ge P, Zhao X, Yao Z, Guo R, Yang N, Zhang Q, Zhu H. Uncovering the Potential Mechanisms of Coptis chinensis  Franch. for Serious Mental Illness by Network Pharmacology and Pharmacology-Based Analysis. Drug Des Devel Ther. 2022 Feb 9;16:325-342. doi: 10.2147/DDDT.S342028. PMID: 35173416; PMCID: PMC8841750.

8. Ni SJ, Yao ZY, Wei X, Heng X, Qu SY, Zhao X, Qi YY, Ge PY, Xu CP, Yang NY, Cao Y, Zhu HX, Guo R, Zhang QC. Vagus nerve stimulated by microbiota-derived hydrogen sulfide mediates the regulation of berberine on microglia in transient middle cerebral artery occlusion rats. Phytother Res. 2022 Jul;36(7):2964-2981. doi:10.1002/ptr.7490. Epub 2022 May 18. PMID: 35583808.

9. Lin Y, Wang Y, Yang X, Ding Z, Hu M, Huang X, Zhang Q, Yu Y. NMN reverses D-galactose-induced neurodegeneration and enhances the intestinal barrier of mice by activating the Sirt1 pathway. Front Pharmacol. 2025 Apr 10;16:1545585. doi: 10.3389/fphar.2025.1545585. PMID: 40276601; PMCID: PMC12018880.