我校部分本科专业按大类招生，具体有中药学类（含中药学、中药制药、中药资源与开发）；药学类（含药学、药物制剂）。按专业大类招收的新生，入学时在专业大类内不分专业，在完成大类基础课程学习两年后，“志愿优先，成绩排序”，即以学生的专业类分流志愿作为第一决定依据，学生的必修课平均学分绩点排序作为第二决定依据，进入本专业大类中的具体专业学习。
中药学类（中药学、中药制药、中药资源与开发）
学 历：本科
学 制：四年
授予学位：理学学士
药学类（药学、药物制剂）
学 历：本科
学 制：四年
授予学位：理学学士
生物制药（分子生物学—药物研制） （中外合作办学）
学 历：本科
学 制：四年。采用“3＋1”的培养模式，前3年课程在南京中医药大学就读，最后1年课程在澳大利亚格里菲斯大学完成。
授予学位：南京中医药大学授工学学士学位、澳大利亚格里菲斯大学授Bachelor of Biomolecular science（中文译名：分子生物学学士学位）
培养目标：培养具备中澳两国文化背景知识且通晓汉、英两种语言，具备扎实的生命科学和药学基础理论、基本知识，熟练掌握现代生物技术和制药技术的常用实验流程，初步了解生物技术制药企业生产和销售环节的流程，能够胜任生物医药、生物农药、生物食品和生物化工实验室，以及生物技术制药企业、事业单位等岗位工作的技术应用型高级实用人才。
主要课程：微生物学、生物化学、分子生物学、药剂学、药理学、生物技术实验、分子细胞生物学、药物设计与给药、结构化学与生物学、高等有机化学、分子生物学研究项目。
特别说明：根据南京中医药大学与澳大利亚格里菲斯大学签订的协议，该专业的学生在第四学年需在澳大利亚格里菲斯大学学习，达到毕业和学位授予要求后，可同时获得由南京中医药大学颁发的毕业证书和学士学位证书及由澳大利亚格里菲斯大学颁发的学士学位证书。办理出国的费用以及在澳大利亚期间的学习与生活费用由学生自理；第四年赴澳大利亚学习之前，雅思成绩须达到澳方学校的入学要求，2015年雅思成绩要求为均分6.5以上（单项不低于6.0）。如遇到两国法律和政府政策调整等情势变更或其他不可抗因素，以变更后的法律政策为准。第一年至第三年学费18000元人民币/年，第四年在澳大利亚格里菲斯大学学习课程以中澳双方签订的协议为准（2015年澳大利亚格里菲斯大学收费标准为32,400澳元/年），实际学习费用以学生出国当年该校公布收取学费标准为准。
食品质量与安全 （中外合作办学）
学 历：本科
学 制：四年。采用“3＋1”的培养模式，前3年课程在南京中医药大学就读，最后1年课程在澳大利皇家墨尔本理工大学完成。
授予学位：南京中医药大学授工学学士学位、澳大利亚皇家墨尔本理工大学授Bachelor of Applied Science(Food Technology and Nutrition)（中文译名：食品科学与营养专业应用理学学士学位）
培养目标：以中外合作办学为依托，培养学生掌握食品质量管理、食品安全控制、食品微生物学的基本理论、知识和技能，具有对食品质量进行安全监督、对食品品质进行监控，及食品流通与管理的能力。能在食品加工、检验、流通、监督管理部门从事食品质量与安全控制或监督管理，或在高等院校、科研机构从事食品质量相关工作的高级应用型人才。
主要课程：食品生物化学、食品微生物学、食品化学、食品毒理学、食品营养学、食品分析、食品安全及评价、食品质量控制和食品法规与标准、基础医学概论等。
特别说明：根据南京中医药大学与澳大利皇家墨尔本理工大学签订的协议，该专业的学生在第四学年需在澳大利皇家墨尔本理工大学学习，达到毕业和学位授予要求后，可同时获得由南京中医药大学颁发的毕业证书和学士学位证书及由澳大利皇家墨尔本理工大学颁发的学士学位证书。办理出国的费用以及在澳大利亚期间的学习与生活费用由学生自理；第四年赴澳大利亚学习之前，第四年去澳大利亚学习之前雅思成绩须达到澳方学校的入学要求，2015年雅思成绩要求为均分6.5以上（单项不低于6.0）。如遇到两国法律和政府政策调整等情势变更或其他不可抗因素，以变更后的法律政策为准。第一年至第三年学费18000元人民币/年，第四年在澳大利亚皇家墨尔本理工大学学习课程以中澳双方签订的协议为准（2015年澳大利亚皇家墨尔本理工大学收费标准为29,760澳元/年），实际学习费用以学生出国当年该校公布收取学费标准为准。
