南京中医药大学中药学学科始建于1956年，是全国创建最早的中药学学科之一，为联合国世界卫生组织传统医学合作中心的重要组成部分。1994年被江苏省政府确立为“江苏省中药学与生药学重点学科”，2000年终期检查评为A级。2002年、2007年被确认为国家一级重点学科，2004年教育部第一轮学科评估中，本学科综合排名第三，成为国内外具有较高影响的重点学科。学科拥有中药学一级硕、博士学位授权点、博士后流动站。2010年中药学学科列为江苏高校优势学科建设工程一期项目，经过建设与发展，2014年考核验收结果被评为A类（优秀），并再次列为江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科。

中药学重点学科以各级各类重点实验室与工程技术研究中心等优势科技资源为依托，积极有效整合与汇聚高校的创新力量，全力借助行业产业优势和区域联动优势，力争在现有的基础上，在中药学相关领域取得具有原创性全国领先水平的科研成果，成为具有国际影响力的学术高地、行业产业共性技术的研发基地和产业人才培养基地，积极推动我国中医药行业产业的良性发展。